Εργαστήριο Μοριακής Ενδοκρινολογίας
Next Generation Sequencing στην Παιδοενδοκρινολογία
Ο μοριακός γενετικός έλεγχος ασθενών με κληρονομούμενα ενδοκρινολογικά νοσήματα, πραγματοποιείται έως σήμερα με την αλληλούχιση κατά Sanger του πιθανού γονιδίου που υποδεικνύει ο φαινότυπος του ασθενούς (τιμές ορμονών, κλινικά χαρακτηριστικά κ.α.) και τα υπάρχοντα βιβλιογραφικά δεδομένα. Όταν δεν αναγνωρίζονται παθολογικές παραλλαγές (μεταλλάξεις) στο συγκεκριμένο γονίδιο, η ανάλυση συνεχίζεται σε επόμενο πιθανό γονίδιο προκειμένου να ταυτοποιηθεί η γενετική αιτιολογία της ασθένειας. Η συγκεκριμένη μεθοδολογία είναι δαπανηρή, χρονοβόρα και δεν είναι πάντα αποτελεσματική (χαμηλό ποσοστό διάγνωσης) ιδιαίτερα σε νοσήματα που παρουσιάζουν γενετική ετερογένεια.
Η τεχνολογία της Αλληλούχισης Νέας Γενιάς (Next Generation Sequencing, NGS), η οποία αναπτύχθηκε την τελευταία 10ετία, επιτρέπει την παράλληλη αλληλούχιση πολλών διαφορετικών δειγμάτων DNA σε πολλά γονίδια ταυτόχρονα, σε μικρό χρονικό διάστημα και με χαμηλότερο κόστος συγκρινόμενη με την αλληλούχιση κατά Sanger. Στην τεχνολογία αυτή στηρίζονται:
- η αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος (Whole Genome Sequencing – WGS),
- η αλληλούχιση όλων των κωδικοποιουσών περιοχών του γονιδιώματος (Whole Εxome Sequencing – WES),
- η αλληλούχιση γονιδίων, τα οποία είναι γνωστό ότι συνδέονται με γενετικά νοσήματα (Clinical Exome Sequencing – CES)
- και η αλληλούχιση στοχευμένης ομάδας γονιδίων (Τargeted Gene Panels), τα οποία συνδέονται με ένα συγκεκριμένο νόσημα/φαινότυπο.
Στο Eργαστήριο Μοριακής Ενδοκρινολογίας της Α’ Παιδιατρικής Κλινικής εφαρμόζονται:
1)Η μέθοδος NGS σε στοχευμένη ομάδα 15 γονιδίων τα οποία συνδέονται με τον Μονογονιδιακό Σακχαρώδη Διαβήτη και τον Υπερινσουλινισμό. Η μέθοδος αυτή μας επιτρέπει να ελέγξουμε πολλά γονίδια ταυτόχρονα, σε πολλούς ασθενείς, παρέχει γρήγορα αποτελέσματα, αυξάνει τη διαγνωστική ακρίβεια, ενώ έχει καλή σχέση κόστους-απόδοσης συγκρινόμενη με τις συμβατικές μεθόδους αλληλούχισης
2) Η μέθοδος Clinical Exome Sequencing η οποία επιτρέπει την ταυτόχρονη ανάλυση περίπου 4500 γονιδίων του ανθρώπινου γονιδιώματος, τα οποία σχετίζονται με γενετικά νοσήματα, σε πλατφόρμα Illumina (NextSeq-500), εφαρμόζεται σε ασθενείς με κληρονομούμενα ενδοκρινολογικά νοσήματα, τα οποία παρουσιάζουν γενετική ετερογένεια, συνδέονται δηλαδή με περισσότερα του ενός γονίδια.
3) Η μέθοδος Exome Sequencing η οποία επιτρέπει την ταυτόχρονη ανάλυση όλων των γονιδίων του ανθρώπινου γονιδιώματος (19000 γονίδια), σε πλατφόρμα Illumina (NextSeq-500), εφαρμόζεται σε ασθενείς με κληρονομούμενα ενδοκρινολογικά νοσήματα, τα οποία παρουσιάζουν γενετική ετερογένεια, συνδέονται δηλαδή με περισσότερα του ενός γονίδια.
Η αποστολή των δειγμάτων γίνεται μετά από συνεννόηση με τον θεράποντα ιατρό και τον ασθενή ή τον κηδεμόνα του.